(株)関西フードマーケット【9919】の掲示板 2021/11/09〜2021/11/18

さまざまなメディアの情報を総合すると、一旦否決で集計が終わったのが15時前で、鍵を握る株主が受付に現れて自分の投票について質問したとされるのが15時半。

もし関西スーパーが能動的に行動していないのであれば、否決で決定し終了したいたことになります。30分待つ理由はないですから。逆の結果（賛成だった）なら僅差でもそのまま即発表していたでしょう。

つまり、その空白の30分に何が起こったか？ですね。
ここからは推測ですが、1%近くを持つ大株主としたら当然事前に面談をしてお願いに行っているでしょう。事前に賛成だったのが棄権になっているのだから、即それに気づいて当該株主に連絡を取ったはずです。どういうことか？と。
で、内容が判明し、株主側から申し入れがあったこととして集計を変更したということでしょうか。

裁判所としては、これを有効と扱うかどうかでしょうけれども、どんでん返し（当該株主が後付けで関西スーパー側から言われたので変更したとか証言するとか）がなければ「違法とまでは言えない」的な結末ではないかと推測します。
ただし、議長が締め切ったと宣言したのであれば、ルール通りに白票を優先してという判断もあるかと思います。