4587-PEPTIDREAM研究会（中・長期ホルダー専用）短期・売り煽り禁止！！の掲示板

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富士通は、実社会における様々な要因の組み合わせを考慮しながら最適解を見つけ出す組合せ 最適化問題に対し、株式会社富士通研究所が開発した次世代コンピューティング・アーキテクチャー 「デジタルアニーラ」を、2018年5月よりサービス提供しています。これまで計算量が膨大で、従来の コンピュータでは解くことができなかった問題において最適解を見つけ出すことができるため、物流の 配送最適化、工場における部品配置の最適化、金融におけるポートフォリオ最適化、材料・創薬に おける候補絞込みなど、幅広い領域での活用が期待できます。

ペプチドリームは、創薬において独自の創薬開発プラットフォームシステム「PDPS（Peptide Discovery Platform System）」を有しており、多種多様な非天然型のアミノ酸を含む特殊ペプチドを自在 に作り出し、医薬品の候補化合物を短期間で探索することができます。これにより、従来の低分子 医薬品や抗体医薬品では狙えなかった広い範囲の疾患を対象とした数多くの医薬品候補化合物の 開発を進めています。

ペプチドリームと富士通は、「デジタルアニーラ」を活用することにより、ペプチドリームが有する 中分子創薬プロセスにおける候補化合物の探索工程をさらに高速化することを目的に、中分子創薬 技術の開発・実証を共同で行っていきます。

【 共同研究の内容 】 中分子創薬においては、その中分子の安定配座の情報を得ることが重要ですが、安定配座はその 主鎖と側鎖※2の構造で決まります。 ※2 ペプチドやタンパク質などの高分子化合物の骨格を成すつながりを主鎖、主鎖から枝分かれした部分を側鎖という。

ペプチドリームの持つアミノ酸の配列情報や実験データなど膨大な特殊ペプチドのデータベースを 活用し、富士通の「デジタルアニーラ」でその組合せ最適化計算を行い、特殊ペプチドの安定配座が 高速に得られることを検証していきます。 今回の共同研究によって特殊ペプチドの安定配座探索技術を確立し、ペプチドを用いた中分子創薬 における「デジタルアニーラ」の有用性の実証を目指します。また、ペプチドリームの候補化合物開発に おける探索工程に適用することで、数日かかる探索時間を数分レベルに大幅に短縮、医薬品候補 化合物の発見を飛躍的に効率化し、新薬実現の可能性向上に貢献することを目指していきます。


【 ペプチドリーム株式会社 取締役副社長 舛屋圭一のコメント 】 特殊ペプチドの探索および最適化において、ペプチドの水中での安定配座およびペプチドがタンパク 質と相互作用する際の安定配座を理解することは大変重要な要素となっています。これまでの コンピュータでの解析では、最速でも数日かかっていたそれらの計算を数分まで短縮する可能性を、 富士通と「デジタルアニーラ」を通じて連携できることを大変喜ばしく思っています。これにより特殊 ペプチド探索工程を飛躍的に効率化し、革新的な新薬創出にこれまで以上に貢献していきたいと考えて います。

【 富士通株式会社 執行役員常務 吉澤尚子のコメント 】 富士通は、計算量が膨大になり従来のコンピュータでは解くことが難しかった組合わせ最適化問題を 高速に解くことができる「デジタルアニーラ」により、様々な分野における多くの社会的な課題の解決に 取り組んでいます。 今回の取り組みで、化合物探索において高速かつ高精度で画期的な技術を開発し中分子創薬の 探索工程で課題とされる長時間にわたる探索作業時間を飛躍的に効率化することで課題解決を目指し ます。 先進的な知見と革新的な技術により中分子創薬分野をリードするペプチドリームと、富士通独自の 最先端のコンピューティング技術を活かした取り組みによる相乗効果で、革新的な新薬創出に貢献して いきたいと考えています。