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2017年の地方税法の改正により、納税者の意思で住民税の課税方法を選択できるようになりました。住民税に関しては源泉徴収で終わらせる「申告不要制度」を選択することにより保険料などへの影響を無くす事ができます。つまり確定申告後、その足で役所に赴き、住民税に関して「申告不要制度」を選択すれば保険料への影響は出ないはずです。

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https://haitoukinseikatu.com/blog-entry-2063.html